Programmu vadības un uzraudzības departaments nodrošina:
- Eiropas Savienības struktūrfondu un Kohēzijas fonda (turpmāk - ES fondi) ieviešanas uzraudzību,
- ES fondu, Latvijas – Šveices sadarbības programmas, Eiropas Ekonomikas zonas finanšu instrumenta un Norvēģijas finanšu instrumenta, Solidaritātes un migrācijas plūsmu pārvaldīšanas programmu un publiskās un privātās partnerības vadības un kontroles sistēmas izveidi un aktualizēšanu, Latvijas – Šveices sadarbības programmas projektu administratīvo vadību, EEZ un Norvēģijas finanšu instrumenta projektu pēc-uzraudzību,
- aģentūras stratēģiskās plānošanas un risku vadības sistēmas ieviešanu un uzraudzību,
- aģentūras procesu kvalitātes kontroles uzraudzību.
Izglītības un zinātnes attīstības departaments nodrošina:
- ES fondu finansēto izglītības un zinātnes nozares projektu īstenošanas uzraudzību un kontroli.
Cilvēkresursu attīstības projektu departaments nodrošina:
- ES fondu finansēto tehniskās palīdzības, tieslietu nozares un valsts pārvaldes profesionālās pilnveides projektu īstenošanas uzraudzību un kontroli,
- ES fondu finansēto veselības aprūpes un labklājības nozares projektu īstenošanas uzraudzību un kontroli.
Infrastruktūras attīstības departaments nodrošina:
- ES fondu finansēto satiksmes nozares, kultūras un dabas mantojuma objektu attīstības projektu un ar pašvaldību infrastruktūras attīstību saistīto projektu īstenošanas uzraudzību un kontroli.
Vides investīciju un starptautiskās sadarbības departaments nodrošina:
- ES fondu finansēto energoefektivitātes jomas, vides nozares un informācijas un komunikācijas tehnoloģiju projektu īstenošanas uzraudzību un kontroli.
Sociālās infrastruktūras departaments nodrošina:
- ES fondu finansēto izglītības un zinātnes nozares, veselības aprūpes infrastruktūras, kā arī sociālās infrastruktūras un primārās veselības aprūpes infrastruktūras attīstības projektu īstenošanas uzraudzību un kontroli.
Uzņēmējdarbības un inovāciju departaments nodrošina:
- ES fondu finansēto uzņēmējdarbības attīstības projektu īstenošanas uzraudzību un kontroli, kā arī PPP uzraudzības institūcijas un kompetences centra funkciju īstenošanu.
Juridiskā nodrošinājuma un projektu atlases departaments nodrošina:
- aģentūras izdoto pārvaldes lēmumu, administratīvo aktu, sagatavoto līgumu un vienošanos, tiesību aktu un iekšējo normatīvo aktu tiesiskuma papildpārbaudi,
- valsts atbalsta normu ievērošanas kontroli aģentūrā,
- projektu iesniegumu atlases organizēšanu,
- aģentūras cilvēkresursu vadības politikas izstrādi un attīstību, cilvēkresursu sistēmas uzturēšanu, kā arī darbinieku un organizācijas kultūras veidošanu un uzturēšanu, dažādību veicinošas un iekļaujošas darba vides veidošanu.
Informācijas sistēmu attīstības departaments nodrošina:
- Kohēzijas politikas fondu vadības informācijas sistēmas 2014. – 2020.gadam (turpmāk – KP VIS) izveidi
- KP VIS un aģentūras Vadības informācijas sistēmas uzturēšanu,
- informācijas sistēmu un programmatūras uzturēšanu un administrēšanu,
- aģentūras informācijas sistēmas nepārtrauktu darbību,
- KP VIS drošības pārvaldību atbilstoši normatīvo aktu prasībām.
Administrācijas nodaļas nodrošina:
- ES fondu izdevumu deklarēšanu,
- aģentūras budžeta plānošanu un budžeta izpildes analīzi,
- ES fondu un citu ārvalstu finanšu instrumentu līdzfinansēto projektu īstenošanai nepieciešamo maksājumu uzdevumu sagatavošanu un izpildi,
- grāmatvedības uzskaiti un kontroli,
- lietvedības un arhīva sistēmas uzturēšanu,
- aģentūras saimniecisko darbību,
- publiskā iepirkuma plānošanas procesu aģentūrā.
Iekšējā audita nodaļa nodrošina:
- neatkarīgu, objektīvu vērtējumu un konsultācijas par iekšējās kontroles sistēmas darbību,
- ieteikumus par nepieciešamajiem pilnveidojumiem un uzrauga to ieviešanu,
- aģentūrā notiekošo auditu, revīziju un pārbaužu koordinēšanu, kā arī auditos, revīzijās un pārbaudēs izteikto ieteikumu ieviešanas uzraudzību un informācijas apmaiņu starp auditējošām iestādēm un aģentūras struktūrvienībām auditu jautājumos.
Komunikācijas un klientu apkalpošanas nodaļa nodrošina:
- sabiedrisko attiecību funkcijas īstenošanu,
- konsultāciju sniegšanu aģentūras kompetences jautājumos,
- sadarbībā ar citām struktūrvienībām organizē informatīvus pasākumus.